SOLiD-MaP: RNA 소분자 결합 부위 매핑 플랫폼
RNA 표적 소분자는 유망한 치료제로 부상하고 있으나, 결합 부위를 명확히 규명하고 RNA 표적 선택성을 평가하는 방법론 개발이 필수적입니다. 기존 리간드-RNA 상호작용 분석법은 강력한 기반을 제공했지만, 리간드 특이적 프로브 설계, 반응성 작용기 호환성, 국소 반응 기하학적 구조에 의존하는 직접적인 가교 또는 공유 결합 포획 방식에 한계가 있었습니다. 본 연구에서는 소분자 결합 부위 식별을 위한 광근접 표지 플랫폼인 SOLiD-MaP(Singlet Oxygen footprinting on RNA in a Ligand-Directed manner for Mutational Profiling)를 개발했습니다. 모델 시스템으로 Mango-II 앱타머와 티아졸 오렌지 유도체를 활용하여, 아닐린이 단일항 산소 매개 RNA 표지에 효과적인 친핵체임을 확인하고, 리간드 국소 광감작에 의한 표적 선택적 표지를 입증했습니다. 나아가 소광제를 통해 단일항 산소 확산을 화학적으로 제어하여 표지 선택성을 조절할 수 있음을 보였습니다. 최종적으로, 리간드 근접 영역을 추론하고 결합 부위를 명확히 매핑하기 위해 쌍별 역전사 정지 분석법과 차세대 염기서열 분석 기반의 돌연변이 프로파일링을 개발했습니다. 이 방법론은 세포 환경에서도 결합 영역 추론이 가능함을 확인했습니다. SOLiD-MaP는 소분자-RNA 인식 연구를 위한 새롭고 독립적인 전략을 제공하며, RNA 중심의 작용 메커니즘 연구에 기여할 것으로 기대됩니다.