박목 진화의 위상 불일치
유전체학 연구는 표적 포획, RNA-Seq 등 다양한 고처리량 시퀀싱 데이터를 활용하지만, 이종 데이터를 통합하는 데는 상당한 생물정보학 도구와 연산 자원이 요구됩니다. 본 연구는 이러한 혼합 데이터를 효율적으로 분석하는 새로운 파이프라인인 Captus를 제시합니다. Captus는 데이터를 조립하고, 관심 유전자좌를 탐색하며, 상동유전자 필터링된 정렬을 생성합니다. 참조 유전자좌가 없는 경우, 서열 클러스터링을 통해 새로운 상동유전자를 발견할 수도 있습니다. Captus는 기존 소프트웨어 대비 더 많은 종에서 더 완전한 유전자좌를 복구할 수 있습니다. 우리는 Captus를 이용하여 박목(Cucurbitales)의 포괄적인 데이터셋을 구축했습니다. 이 데이터셋은 박목 내 8개 과, 약 3,100종에 대한 네 가지 유형의 시퀀싱 데이터를 포함합니다. 계통유전체학 분석 결과는 현재 인정되는 박목의 범주를 지지하지만, 완전 기생 식물인 Apodanthaceae의 위치에 대해서는 이견을 보였습니다. Apodanthaceae는 핵 및 미토콘드리아 유전자 영역의 대다수에서 말피기아목(Malpighiales)의 Rafflesiaceae와 함께 그룹화되었습니다. 박과(Cucurbitaceae) 내에서는 현재 인정되는 모든 족의 단일 계통성을 확인했지만, 박목 전체와 박과 내에서 교잡 및 불완전 혈통 분리 현상도 발견했습니다. 본 연구는 유전자 계통 불일치를 고려할 때 박목의 이전 계통학 연구들 간의 모순된 결과를 조화시킬 수 있음을 보여주며, 복잡한 데이터셋에 대한 Captus의 효율성을 입증합니다.