BOCS 5.0: 국소 밀도 퍼텐셜 기반의 체계적 상자성
원자 수준 시뮬레이션 데이터를 활용하여 거대 분자 모델(CG 모델)의 퍼텐셜을 매개변수화하는 오픈소스 상자성 소프트웨어 BOCS(Bottom-up Open-source Coarse-graining Software)의 5.0 버전이 소개되었다. 기존 버전의 한계를 넘어, BOCS 5.0은 각 입자 주변의 국소 밀도(LD)와 이 국소 밀도의 제곱 기울기(SG)에 의존하는 퍼텐셜을 처리하도록 확장되었다. 새롭게 개발된 PKG-BOCS 패키지는 이러한 퍼텐셜을 LAMMPS 시뮬레이션에 적용할 수 있도록 지원한다. 이 소프트웨어는 복잡한 분자 토폴로지를 다루며, 국소 밀도 정의 및 LD, SG 퍼텐셜 설정에 있어 상당한 유연성을 제공한다. 이를 통해 연구자들은 다양한 시스템에 대한 맞춤형 CG 모델 개발이 가능하다. 수치 계산을 통해 이 퍼텐셜들의 물리적 통찰과 국소 밀도 정의에 따른 의존성을 분석하였다. 이러한 계산은 구현의 정확성과 신뢰성을 입증하며, CG 모델의 성능 향상 가능성을 시사한다. 특히, LD 퍼텐셜이 물 분자 CG 모델의 구조적 정확도, 열역학적 특성, 그리고 전이성을 크게 개선할 수 있음을 확인하였다. 이는 CG 모델의 예측 능력과 적용 범위를 넓히는 중요한 진전이다.